清朝统一新疆天山南北后，在全疆各地建立其统治机构，行使中央政府对边疆地区的主权。清朝对新疆的治理主要采用军府制。在伊犁设置总统伊犁等处地方将军，简称伊犁将军，统辖新疆天山南北地区军政事务。在乌鲁木齐、塔尔巴哈台、喀什噶尔、哈密等地分设都统、参赞大臣、办事大臣、领队大臣等官员，分管该地区军政事务。这些驻防将军、都统和大臣等多为满洲或蒙古官员。所以，他们多用满文书写公文向皇帝请示汇报，皇帝也用满文撰写谕旨颁给有关官员。因此，在清代中央国家机关的满文档案内保存下来了近10万件新疆历史资料，时间跨度长达250年。其内容极其丰富，可谓包罗万象，涉及面甚广。主要包括职官、军务、民政、司法、宗教、民族、财政、农业、牧业、矿产、贸易、货币、教育、文化、卫生、地理、交通、运输、工程、外交以及重大历史事件等方面情况，对历史研究具有重要的意义，而且绝大部分未曾公布。

中国第一历史档案馆

内阁学士班第奏准噶尔至今仍至巴里坤军营抢劫马匹令所属官兵严加防范折

驻哈密办事郎中文保等奏报哈密碧流图卡伦被劫并增兵严加防守等事折

内阁学士班第奏总兵樊廷击败准噶尔兵旋即与库舍图会合并派人赴巴里坤军营报告折

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《清代新疆满文档案汇编》对历史研究具有重要的意义，而且绝大部分未曾公布。